In der Antike war Dakhla unter dem Namen Zeszes, dem „Ort der zwei Schwerter“, bekannt, weil es in zwei unterschiedliche Gebiete unterteilt ist. Sie wurde auch el-Wah, die „Innere Oase“, genannt und ist ein Gebiet von etwa 2000 Quadratkilometern, das im Westen vom Großen Sandmeer, im Norden von einem hohen Kalksteinhang und im Osten vom Abu-Tartur-Plateau begrenzt wird. Von el-Kharga aus führt die Reise zum östlichen Rand der Oase Dakhla über 150 km entlang der alten Wüstenpiste Darb el-Ghubari durch spektakuläre Dünenfelder. Aus Richtung Norden und Farafra kommend beträgt die Entfernung etwa 230 km. Dakhla ist zwar kleiner als die Oase Kharga, aber die am dichtesten besiedelte Region im Wadi el-Gedid oder „Neuen Tal“, unter dem die Oasen Kharga, Dakhla und Farafra seit 1958 bekannt sind. Die ägyptische Regierung ist bestrebt, das Potenzial dieser Wüstengebiete voll auszuschöpfen, und plant die weitere Entwicklung von Landwirtschaft, Bodenschätzen, Industrie und Tourismus.

Es gibt Beweise dafür, dass Dakhla, wie andere Wüstenregionen auch, seit prähistorischen Zeiten bewohnt ist - es wurden hier fossile Knochen gefunden, die auf menschliche Besiedlung vor 150.000 Jahren hinweisen. Als die Region allmählich trockener wurde, begannen die Menschen, näher an die Wasserquellen zu ziehen. Wir wissen nur wenig über diese Menschen, aber es wurden hier mehrere Skelette, Werkzeuge aus Feuerstein und Knochen sowie einige der frühesten Hüttenkreise Afrikas gefunden, die aus der Jungsteinzeit (ca. 5000 v. Chr.) stammen. Es gibt Hinweise darauf, dass die Wüstenbewohner ein Leben als Hirten führten. Wie Kharga wurde auch Dakhla einst von einem riesigen See oder „Playa“ beherrscht, und es wurden neolithische Felszeichnungen gefunden, die darauf hinweisen, dass an seinen Ufern Elefanten, Büffel, Zebras, Giraffen und Strauße Wasser führten. Zu dieser Zeit ähnelte die Region der afrikanischen Savanne, aber als das Gebiet auszutrocknen begann, wanderte die menschliche Bevölkerung in das gastfreundlichere Niltal, wo sie sich niederließ und Landwirtschaft betrieb.

Seit einem Vierteljahrhundert führen Archäologen hier ununterbrochen Ausgrabungen durch, und viele Spezialistenteams sind an der Suche nach der Geschichte von Dakhla beteiligt. Das Dakhla Oasis Project, das derzeit von Professor Tony Mills von der Universität Toronto geleitet wird, ist ein internationales, multidisziplinäres Team, das sich der Erforschung aller Bereiche menschlicher Aktivitäten an einer Vielzahl von Stätten in Dakhla widmet.

Der Wüstensand, der die aus dem Alten Reich stammenden Siedlungen lange Zeit bedeckte und konservierte, beginnt nun, seine vergrabenen Schätze freizulegen, da die Oase fruchtbarer wird. Dakhla scheint während des Alten Reiches und des Mittleren Reiches von großer Bedeutung gewesen zu sein, wobei sich die Hauptstadt möglicherweise in Ain Asil in der Nähe von Balat befand. Hier, im Osten der Oase, befand sich eine große Siedlung mit einem Palast, Verwaltungsgebäuden und einer nahe gelegenen Nekropole in Qila el-Daba. Eine Nekropole aus der Ersten Zwischenzeit wurde in Amheida gefunden, einem der größten archäologischen Gebiete in der Oase, das später von einer großen römischen Stadt überbaut wurde.

Während des Neuen Reiches wurde die Hauptstadt nach Mut, weiter westlich, verlegt, das auch heute noch der Hauptort von Dakhla ist. Die alten Viertel von Mut zerfallen heute zu Ruinen, enthalten aber ein Gewirr von dunklen, verwinkelten Gassen und faszinierenden Holztüren, die die Atmosphäre vergangener Jahrhunderte heraufbeschwören, während der alte pharaonische Tempelbezirk der Stadt, bekannt als Mut el-Kharab („Mut die Ruine“), etwas südwestlich der modernen Stadt liegt. Am nördlichen Rand der Oase liegt Qasr Dakhla, ein mittelalterliches islamisches Dorf, das auf römischen Fundamenten errichtet wurde und als eines der ältesten kontinuierlich bewohnten Dörfer der Oase Dakhla gilt. Auch hier kann der Besucher durch die älteren Teile des befestigten Dorfes wandern, wo die islamische Architektur derzeit restauriert wird, und die Bilder einer vergangenen Zeit auf sich wirken lassen.