Der Name der Stätte setzt sich zusammen aus dem arabischen Wort kum (Hügel), das in den Namen vieler archäologischer Stätten vorkommt, und dem Wort Ombo, das sich letztlich vom altägyptischen Nubt ableitet, was so viel wie „die goldene (Stadt)“ bedeutet. Der Tempel der Stadt ist zwei Gottheiten gewidmet: dem Krokodilgott Sobek und dem Falkengott Har wer (Horus der Ältere). Obwohl bereits im Neuen Reich (ca. 1550-1069 v. Chr.) ein früherer Tempel an dieser Stelle stand, wurde das heutige Bauwerk in der griechisch-römischen Periode (332 v. Chr. - 395 n. Chr.) errichtet. Der früheste bezeugte königliche Name ist der von Ptolemaios VI Philometor (180-145 v. Chr.). Der größte Teil der Dekoration wurde von Ptolemaios XII. Neos Dionysos (80-51 v. Chr.) vollendet.

Der Tempel hat ein einzigartiges Design. Da er zwei Göttern gewidmet ist, hat er zwei parallele axiale Durchgänge, die durch die Säulenhallen führen und in zwei Heiligtümern enden, eines für jeden Gott. Die südliche Achse (rechts) ist die von Sobek, die nördliche (links) die von Harwer.

Sobek war ein Gott der Fruchtbarkeit, der mit Wasser, Überschwemmung und Vegetation in Verbindung gebracht wurde. Er wurde hier zusammen mit seiner Frau, der Göttin der Liebe und Mutterschaft Hathor, und ihrem Sohn, dem Mondgott Khonsu, verehrt. Horus, der Gott des Königtums, ist der Sohn von Osiris und Isis, und als Harwer ist er im Erwachsenenalter und hat über Seth, den Mörder seines Vaters, gesiegt. Er wurde hier zusammen mit seiner Frau „Ta senet nefret“, der „vollkommenen Gefährtin“, und ihrem Sohn „Pa neb tawy“, dem „Herrn der beiden Länder“, verehrt.

Der Tempel von Kom Ombo ist nicht nur mit schönen Säulenkapitellen, sondern auch mit faszinierenden Szenen an seinen Wänden geschmückt.In Kalendern sind Feste und andere kultische Handlungen mit ihren Daten und den dazugehörigen Ritualen aufgeführt.Während der römischen Periode, im 2. Jahrhundert n. Chr., wurde eine Szene mit vermutlich chirurgischen Instrumenten eingemeißelt, die zeigt, wie hoch entwickelt die altägyptische Medizin war.In der Mitte des hinteren Teils des Tempels sind Sobek und Harwer auf ihren jeweiligen Seiten des Tempels in einer symbolträchtigen Szene zu sehen, die bei den frommen Besuchern dieses heiligen Ortes Ehrfurcht auslöste.