Zu den Denkmälern von Philae gehören zahlreiche Bauwerke, die vor allem aus der ptolemäischen Zeit (332-30 v. Chr.) stammen.Das herausragendste Bauwerk ist ein von Ptolemaios II. Philadelphos (285-246 v. Chr.) begonnener Tempel, den er Isis, der Mutter von Horus, dem Gott des Königtums, widmete.Eine Szene im Mammisi, dem Geburtszimmer, in dem die Geburt des Horus gefeiert wurde, zeigt Isis, die ihren Sohn Horus in den Sümpfen säugt.

Der Isis-Tempel war einer der letzten altägyptischen Tempel, der bis zur Herrschaft des byzantinischen Kaisers Justinian I. (527-565 n. Chr.), der die Abschottung aller heidnischen Tempel anordnete, in Betrieb blieb. Hier schnitzte ein Isis-Priester namens Esmet-Akhom die letzte datierte Hieroglypheninschrift, die auf das späte 4. Jahrhundert n. Chr. (394 n. Chr.) datiert wird. Der Tempel wurde in eine christliche Kirche umgewandelt und viele Inschriften wurden absichtlich zerstört.

In der Nähe befindet sich auch ein Hathor geweihter Tempel, der von Ptolemaios VI. Philometor (180-145 v. Chr.) und Augustus, dem ersten römischen Kaiser (30 v. Chr. - 14 n. Chr.), errichtet wurde. Der Kiosk des Trajan (98-117 n. Chr.), der dem Tempelkomplex von Philae vorgelagert war, ist trotz des verschwundenen Daches noch erhalten. Seine regelmäßige Anordnung der Säulen machte ihn zu einem ästhetischen Genuss und wurde von Reisenden auf der Insel regelmäßig beschrieben oder abgebildet. Auch hier steht Isis im Mittelpunkt des Kults, denn der Kaiser bringt ihr, ihrem Gemahl Osiris und ihrem Sohn Horus Opfer dar.

Alle diese Denkmäler wurden im Rahmen der UNESCO-Nubienkampagne in den 1960er Jahren von der ursprünglichen Insel Philae auf die nahe gelegene Insel Agilkia verlegt, um die durch den Bau des Assuan-Hochdamms überfluteten Stätten zu retten.